Într-un ritual alchimic eșuat, Edward Elric și-a pierdut brațul și piciorul, iar fratele său Alphonse a devenit doar un suflet într-un costum de armură. Echipat cu membre mecanice "auto-mail", Edward devine un alchimist de stat, căutând singurul lucru care poate să-l restaureze pe fratele său și pe el însuși ... legendarul Piatra Filosofală.

Ed se întoarce la Resembool și se întâlnește cu tatăl său înstrăinat, Hohenheim, pentru prima dată după mulți ani. Deși întâlnirea lor este scurtă și tensionată, Ed pleacă cu revelația că trupul lui Al este încă viu undeva. Dar înainte ca frații recent energizați să poată căuta, Scar se întoarce, catalizând o alianță improbabilă între frații Elric, Prințul Lin din Xing și Colonelul Mustang. Deși speră să-l folosească pe Scar pentru a atrage un homunculus, vânătorii devin vânați când Gluttony se dovedește a fi mai mult decât pot ei gestiona.