Eseul "Neascultarea civilă" (1849) – unul dintre cele mai importante texte de reflecție politică – îi cheamă pe cetățenii americani să refuze să plătească impozitul impus de guvernul lui James Polk, un guvern care accepta sclavia ca drept legal și a declarat război Mexicului în 1846, cu scopul de a extinde sclavia în regiunile pe care le va cuceri.

Thoreau formulează aici doctrina „rezistenței pasive” față de autoritate prin manifestarea neascultării. Aceasta impune, spune autorul, simțul justiției și conștiința datoriilor. O idee similară a fost enunțată și de poetul romantic P. B. Shelley, în poezia sa „Masca anarhiei” (1819), lucrare care l-a influențat profund pe Thoreau.

Pentru Thoreau, manifestarea neascultării politice ca o cerință a conștiinței sale nu era altceva decât realizarea individualității sale. Neascultarea devine metoda de apărare a libertății conștiinței și a drepturilor individuale.

Printre gânditorii politici care au elaborat ideea neascultării politice în condițiile politice ale timpului lor, atribuindo i paternitatea termenului lui Thoreau, cei mai importanți au fost Mahatma Gandhi și Martin Luther King. Primul important scriitor care a observat textul lui Thoreau în ediția din 1866 a fost Lev Tolstoi, care laudă ideile sale în „Renașterea”.