Locația a fost descoperită în 1878 de Minoas Calokairinos. Săpăturile de la Knossos au început în 1900 de către arheologul englez Sir Arthur Evans și echipa sa, continuând timp de 35 de ani. Săpăturile inițiale și restaurarea parțială a palatului au fost realizate sub conducerea lui Arthur Evans în primii ani ai secolului XX. Dimensiunea palatului a depășit cu mult așteptările inițiale, la fel ca și descoperirea a două scrieri antice, pe care le-a numit Lineare A și Linear B, pentru a le distinge scrierea de pictogramele care erau de asemenea prezente. Din săpăturile palatului, Evans a dezvoltat un nou concept arheologic al civilizației pe care l-a folosit, pe care l-a denumit Minoic, urmând tradiția de lungă durată de a eticheta toate obiectele din acel loc ca fiind Minoice.

Palatul de la Knossos a fost fără îndoială centrul ritualic și politic al civilizației și culturii minoice. Acesta se prezintă ca un labirint de ateliere, spații de locuit și depozite, aproape de o piață centrală. O vedere grafică aproximativă a unor aspecte ale vieții cretane în epoca bronzului este oferită de restaurările frescelor interioare și exterioare ale palatului, precum și de modelele decorative ale ceramicii și simbolurile de pe sigilii.

Palatul a fost abandonat într-un moment necunoscut la sfârșitul Epocii Târzii a Bronzelor, aproximativ 1380-1100 î.Hr. Cauza nu este cunoscută cu certitudine, dar una dintre numeroasele distrugeri care au afectat palatul este în general proiectată. Populația care a părăsit zona era probabil greci myceneni, care anterior cuceriseră orașul-stat și foloseau Linear B ca scriere administrativă, spre deosebire de Linear A, scrierea administrativă anterioară. Dealul nu a mai devenit niciodată așezare sau spațiu urban, deși ocupanții ar fi putut să-l folosească pentru o perioadă.