Link, acum un cavaler Hylian, servește Prințesa Zelda la Castelul Hyrule. Când Shadow Link o răpește pe Prințesa Zelda, Link trebuie din nou să se pregătească pentru a învinge forțele răului. Pentru a face acest lucru, are nevoie de legendara Sabie a celor Patru, dar obținerea acesteia înseamnă că trebuie să elibereze și apoi să lupte împotriva vechii forțe malefice Vaati. Sabia celor Patru îl împarte, de asemenea, pe Link în patru versiuni diferite ale sinelui său, iar acești noi Links nu sunt parteneri! Salvarea Zeldei, înfrângerea lui Vaati și stăpânirea propriilor versiuni excentrice nu vor fi o sarcină ușoară!