După ce a învins răul General Onox în Holodrum, Link se întoarce în Hyrule. Într-o zi, Impa, însoțitoarea Prințesei Zelda, îl roagă pe Link să o însoțească în pădure pentru a o găsi pe Nayru, Oracolul Epocilor. Dar Veran, vrăjitoarea malefică a umbrelor, a posedat-o pe Impa pentru a-l înșela pe Link. Veran apoi posedă pe Nayru și călătorește în trecut pentru a ucide unul dintre strămoșii lui Link, astfel încât Link să nu se fi născut niciodată! Link se luptă din nou în timp pentru a salva Hyrule - și pe el însuși!