Povestea începe când un extraterestru numit Tatanga invadează Sarasaland și hipnotizează locuitorii săi, răpindu-i pe prințesa Daisy. Mario călătorește prin patru lumi tematice — Birabuto (inspirată din Egipt), Muda (acvatică), Easton (cu referințe la Asia de Est) și Chai (cu estetică chineză) — înfruntând dușmani, capcane și șefi, având ca scop salvarea lui Daisy și restabilirea păcii.
Jocul se remarcă prin elementele sale unice, cum ar fi nivelurile cu vehicule (submarin și avion), înlocuirea power-up-urilor clasice cu Superball Flower și muzica originală. A fost primul platformer Mario pe o consolă portabilă și rămâne îndrăgit pentru creativitatea și simplitatea sa.