Într-o groapă de gunoi din așezarea fără lege Scrapyard, mult sub orașul spațial misterios Zalem, doctorul cibernetic discreditat Daisuke Ido face o descoperire ciudată: capul detașat al unei femei cyborg care și-a pierdut toate amintirile. El o numește Alita și o echipează cu un corp nou și puternic, Berserker. Deși Alita nu își amintește niciun detaliu din viața ei anterioară, un moment de disperare reînvie în nervii ei școala legendară de arte marțiale cunoscută sub numele de Panzer Kunst.