Povestea din FireRed LeafGreen începe cu Green fiind pregătită să-și întâlnească părinții, dar aceștia sunt absorbiți într-o spirală creată de un Pokémon misterios! Red și Blue vor să ajute, dar mai întâi trebuie să își îmbunătățească abilitățile de luptă. Apoi, Cei Trei Comori ai Team Rocket se întorc cu planurile lor obișnuite!

În povestea din Emerald, Gold și Crystal sunt din nou aici! Profesorul Oak îi trimite pe cei doi prieteni să ajute la salvarea lui Red, Yellow, Blue și Green - care au fost transformați în piatră! Dar mai întâi, cuplul trebuie să lupte împotriva unei creaturi monstruoase pe care Archie, fostul lider al Team Aqua, dorea să o creeze folosindu-se de puterile lui Wish Pokémon Jirachi!