Pentru rezultate optime, denitratarea trebuie așezată astfel încât să se asigure fluxul de apă prin acesta, ca într-un filtru de canistră, o unitate de filtrare chimică sau un filtru de cutie. Rata de flux nu trebuie să depășească 200 L (50 de galoane americane) pe oră. Dacă sunt inevitabile rate de flux mai mari, utilizați Matrix sau Pond Matrix. Este mai bine să clătiți praful înainte de utilizare.

Odată ce denitratarea este utilizată timp de câteva zile, concentrațiile de nitrați vor începe să scadă și să se stabilizeze treptat la o concentrație de aproximativ 4-5 mg/L sub formă de nitrați.