Această carte se bazează pe o alegorie. În "Fantoma Operei" -celebrul musical- un compozitor genial cu un față deformă dirijează spectacolele din întunericul subteranelor Operei din Paris. Privitorii se bucură de creațiile sale, dar refuză să îi privească fața.

Știința, ca o altă fantomă a operei, este o forță creatoare care, de asemenea, guvernează lumea din "subsol". Totuși, ea apare în două versiuni diferite: fantoma din natură și fantoma din cultura noastră. Fantoma din natură sunt legile fundamentale -legile microcosmosului- care governază lumea fizică din adâncurile materiei, în timp ce fantoma din cultura noastră este acum însăși știința ca un instituție socială.

În ambele sale versiuni, fantoma are un chip foarte străin. Legile microcosmosului sunt cele mai ciudate lucruri pe care le-am văzut în natură până acum, iar fața științei în sine ca instituție socială nu este mai iubită de omul modern. Societățile noastre admiră știința. Știu că ei îi datorează bunăstarea materială de care se bucură. Cu toate acestea, chipul său adevărat, fondul său anti-dogmatic, spiritul sănătos al scepticismului care o caracterizează, preferă să nu-l vadă. Mai bine să rămână în întuneric; în subsol.

Această carte încearcă să împace cititorul cu aceste aspecte mai puțin familiare ale științei, subliniind în același timp conținutul etic care există în metoda științifică în sine: dreptul de a avea îndoieli raționale și obligația de a gândi liber, recunoscând ca singura autoritate realitatea empirică.