Stand Alone Complex are loc în 2030, în orașul fictiv japonez New Port. Povestea urmărește membrii Departamentului 9 al Securității Publice, o echipă specială de operațiuni formată din foști ofițeri militari și detectivi de poliție. Manga prezintă cazuri individuale gestionate de Departamentul 9, împreună cu o investigație în curs de desfășurare, mai serioasă, asupra unui criminal în serie și hacker cunoscut doar sub numele de The Laughing Man.