Regulile sunt simple și fiecare rundă constă din 2 pași:
- Mișcare: Mută unul dintre muncitorii tăi pe un pătrat adiacent. Poți să te muți pe același nivel, să urci un nivel sau să cobori oricâte niveluri dorești.
- Construcție: Construiește un nivel de clădire lângă muncitorul pe care l-ai mutat. Când construiești deasupra celui de-al treilea nivel, plasează o cupolă, blocând astfel acel pătrat din joc.
Cum câștigi: Dacă oricare dintre muncitorii tăi ajunge la al treilea nivel, câștigi jocul.
Puterile variabile ale jucătorilor: Santorini include puteri divine și eroice unice, adăugând niveluri suplimentare de strategie unui joc altfel abstract. Cu 40 de puteri tematice de zei și eroi, experiența fiecărei partide este unică și schimbă radical modul în care se joacă jocul.