În cele mai întunecate colțuri ale spațiului infinit, răul absolut pândește. Forțele întunecate conduse de zeul distrugerii, Bacterian, se pregătesc să lanseze un atac masiv asupra planetei Gradius.

Cu o putere de neînvins, forțele întunecate amenință să cufunde Universul într-un război total și o exterminare absolută. Invazia lor distruge apărările planetei Gradius, în timp ce planetele din jur cad rând pe rând ca niște piese de domino. Acum, mâna malefică a lui Bacterian ajunge până în inima rezistenței... chiar pe planeta Gradius.

Pentru a înfrunta amenințarea iminentă, Forțele Unite ale lumii Gradius adună toate navele lor de război. Jumătate formează o rețea defensivă, iar celelalte o echipă de atac. Însă sunt numeric inferiori, iar forțele întunecate le străpung cu ușurință linia subțire de apărare. Niciun luptător nu supraviețuiește măcelului...

Într-o ultimă încercare, Forțele Unite ale Gradius trimit două nave de asalt considerate anterior prea periculoase pentru misiuni de luptă: distrugătoarele interstelare VIC VIPER. Navele decolează spre inima întunericului pentru a participa la bătălia care va decide soarta Universului...