În lumea fantastică a Gamindustri, patru zeități (CPUs) sunt implicate într-un război neîntrerupt pentru supremație, cunoscut sub numele de Războiul Gardienilor. Când Neptune este învinsă de celelalte zeițe, este exilată din ceruri și își pierde complet amintirile. Cu ajutorul lui Compa, IF și al unei cărți vii misterioase numită Histoire, Neptune pornește într-o călătorie fascinantă prin patru națiuni diferite. Scopul ei este să-și recupereze puterile și să salveze întreaga lume, într-un JRPG bogat, plin de bătălii tactice și umor savuros.

Neptune este transportată neașteptat într-o dimensiune alternativă a Gamindustri care amintește puternic de anii 1989. Pentru a se întoarce în lumea ei, trebuie să adune suficiente Shares pentru a deschide poarta dimensională, însă alianța malefică a Seven Sages plănuiește să anihileze toate CPU-urile. Prin prietenii dimensionale, referințe amuzante la cultura retro a jocurilor video și sisteme îmbunătățite de personalizare, Neptune este chemată să salveze realitatea alternativă și să găsească drumul spre casă.