Întreținerea corectă și protecția colectoarelor solare sunt importante pentru menținerea funcționalității sistemului. În cazul unei absențe pentru o perioadă îndelungată, în special în lunile de vară, se recomandă acoperirea colectoarelor solare. Atunci când nu sunt acoperite, există riscul acumulării de apă în boiler, ceea ce poate provoca supraîncălzire și poate necesita aerisirea circuitului închis, precum și completarea lichidului termic la întoarcere. Dacă nu s-a efectuat întreținerea obișnuită, este posibil ca supapele de siguranță ale boilerului să nu se activeze, cu risc de deteriorare a boilerului.

În plus, în lunile de iarnă, utilizarea unei huse este considerată necesară în caz de temperaturi scăzute pentru protecția sistemului.