Trecerea la 3DS a adus îmbunătățiri radicale în grafică, cu modele de personaje mai detaliate și culori vii care evidențiază frumusețea supranaturală a titlului, în timp ce redarea stereoscopică 3D adaugă profunzime lumii. Schimbările semnificative în sistemul de gestionare a timpului și „Carnetul Bombers” reînnoit fac urmărirea numeroaselor misiuni secundare mult mai ușoară, permițând jucătorilor să se cufunde în poveștile personale ale locuitorilor din Clock Town fără stres inutil. Cu adăugarea controlului camerei prin C-Stick și utilizarea ecranului tactil pentru acces rapid la obiecte, această versiune este considerată modul ideal de a trăi cea mai emoționantă și suprarealistă aventură din seria Zelda.