Povestea începe când protagonistul, un elev de liceu, este mutat la Tokyo după o acuzație falsă de atac. În timpul perioadei sale de probă la Academia Shujin, descoperă Metaverse, o lume alternativă care reflectă dorințele întunecate ale oamenilor. Împreună cu alți elevi nedreptățiți, formează echipa Phantom Thieves of Hearts, având ca scop schimbarea inimilor adulților corupți prin raiduri în „Palate” — versiuni psihologice ale realității.

Versiunea Royal adaugă pe Kasumi Yoshizawa, un nou personaj cu propria poveste și Persona, precum și pe misteriosul consilier Takuto Maruki. Include, de asemenea, un al treilea semestru suplimentar, noi temnițe, îmbunătățiri ale gameplay-ului și mai multe activități sociale. Jocul combină lupte JRPG, simulare socială și narațiune psihologică, explorând teme precum libertatea, opresiunea și dezvoltarea personală. Este considerat unul dintre cele mai complete și îndrăgite jocuri din seria Persona.