Povestea începe imediat după primul turneu Mortal Kombat, cu Liu Kang învingându-l pe Shang Tsung. Totuși, victoria nu aduce pace, deoarece eroii sunt atacați de soldați din Outworld. Raiden îl trimite pe Liu Kang și pe Kung Lao într-o misiune pentru a-l opri pe Shao Kahn, călătorind prin zone precum Living Forest, Soul Tomb și Wastelands. Pe parcurs, se confruntă cu personaje emblematice precum Scorpion, Sub-Zero, Reptile și Baraka, în timp ce se dezvăluie că Shang Tsung plănuiește să-și recupereze puterea prin suflete.