Povestea are loc în orașul Soleanna, unde Sonic încearcă să salveze prințesa Elise de Dr. Eggman, care dorește să elibereze Flăcările Dezastrului, o forță distructivă ce locuiește în ea. În același timp, Silver the Hedgehog, dintr-o lume viitoare distrusă, călătorește înapoi în timp pentru a-l ucide pe „Iblis Trigger”, crezând că este Sonic. Shadow descoperă că în spatele tuturor se află Mephiles, o entitate întunecată care dorește să se contopească cu Iblis și să distrugă timpul.