Povestea îl urmărește pe Altair imediat după evenimentele din primul Assassin's Creed, în timp ce îi vânează pe ultimii Templieri care au fugit din Țara Sfântă pentru a găsi refugiu pe insula Cipru.
Jocul folosește o cameră third-person și personajul poate alege dintr-o multitudine de arme și invenții ale epocii, care îți fac lucrurile mai ușoare. În plus, ți se oferă opțiunea de a alege cum vrei să-ți omori adversarul. Poți să te lupți cu el unu-la-unu, să-l lovești pe furiș din spate sau să-l omori cu mâinile goale. În același timp, în bătălii, vei avea o varietate de mișcări și prinderi. De asemenea, ai opțiunea de a merge în liniște pentru a evita să fii detectat de gardieni sau de a fugi pentru a scăpa din raza lor vizuală.