Povestea începe după evenimentele din Armageddon, când Raiden, chiar înainte de a muri, trimite un mesaj către sinele său din trecut: „Trebuie să câștige”. Acest lucru duce la o reinterpretare alternativă a evenimentelor din primele trei jocuri Mortal Kombat, cu Raiden încercând să schimbe viitorul și să împiedice dominația lui Shao Kahn. Narațiunea se desfășoară prin scene cinematice și lupte, cu alternanță de personaje și răsturnări de situație.