Transferul din seria de succes pune jucătorii în rolul agentului dinamic al organizației The Company, Tom Paxton, și sunt chemați să descopere secretul protagonistului serialului TV Michael Scofield, un om fără trecut criminal care deodată se trezește vinovat de jefuirea unei bănci.

Prin intermediul unui scenariu care urmează evenimentele din primul sezon al Prison Break, jucătorii se vor infiltra în Penitenciarul de Stat Fox River unde se vor confrunta cu o serie de inamici și obstacole pentru a aduna indiciile care îi vor conduce la rezolvarea misterului.