Nimic nu prevestea că Kokkalis va deveni vreodată un luptător al Rezistenței și ministru al Sănătății și Asistenței Sociale, temporar și al Educației, în guvernul de la munte al PEEA și că după Eliberare va fi nevoit să se refugieze la partizani și să redevină din nou Ministru al Sănătății, Asistenței Sociale și Educației în Guvernul Democratic Provizoriu constituit de KKE.

Dar știința este parte a societății. Este un produs distinct al acesteia și un om de știință care este în plus și grec nu poate (nu trebuie) să refuze să facă alegerea sa. Kokkalis a realizat numeroase intervenții inovatoare în domeniul chirurgiei toracice, neurochirurgiei și chirurgiei cardiace, iar participarea sa semnificativă la redactarea lucrării în două volume „Chirurgie” a fost pentru tinerii chirurgi o referință excepțională.

În 1942, Petros Kokkalis a urmat conștiința sa alegând rezistența. A ales să alunge durerea și să folosească talentul său organizațional pentru a înființa spitale improvizate care puteau îngriji peste 1000 de răniți și bolnavi. Și pentru această alegere a sa, a fost eliberat de îndatoririle sale și persecutat.

După sfârșitul războiului civil, a decis să meargă în Germania de Est, unde a putut continua munca sa până la moartea sa.

Profesorul Petros Kokkalis a trăit o perioadă dificilă și este printre puținii care și astăzi onorează Grecia, deși patria sa nu l-a onorat. A fost unul dintre cei mai buni chirurgi ai lumii din acea vreme și în continuare un adevărat patriot grec, care avea grijă foarte mult de toate fetițele și băieții greci care ne-am aflat în Țările Estice din cauza războiului civil.