"Războiul este tatăl tuturor și regele tuturor; arată unora că sunt zei, altora că sunt oameni, unii îi face sclavi, iar alții liberi."

Fragmentul de mai sus este poate unul dintre cele mai faimoase ale lui Heraclit și este adesea interpretat ca și cum ar fi un "câine de război" belicos. Deși este ușor memorabil datorită naturii poetice a scrierilor sale, Heraclit este considerat de mulți a fi aforistic și obscur, ceea ce i-a conferit reputația de a fi "întunecat" încă din antichitate și a contribuit la farmecul său. Totuși, adevărul este mai simplu și poate chiar mai captivant.
Heraclit a scris într-un mod dual, încărcându-și conștient cuvintele cu diferite straturi de semnificație, care trebuiau (și trebuie) abordate ca niște enigme care sunt rezolvate în principal experiențial și empiric. Cu alte cuvinte, adevărul său se află sub suprafața cuvintelor pe care le folosește.
Pilonii principali ai gândirii sale erau că a) oamenii trebuie să cunoască Logosul (un principiu unificator, obiectiv), b) lumea este în continuă schimbare, c) esența lumii este focul etern (focul simbolizează schimbarea continuă), și în final d) echilibrul, soliditatea și armonia lumii sunt menținute prin mișcare continuă, competiție și împletirea opusurilor.

Având în vedere că opera sa supraviețuiește în fragmente, o inovație inițială a sa pare a fi introducerea elementului uman în cosmologie, inaugurând în cosmogonia pre-socratică antropocentrismul care avea să monopolizeze gândirea clasică. Astfel, deși este prezentat de surse ca un caracter antisocial—și pentru unii, un misantrop—Heraclit ar fi putut fi primul filozof umanist.
O a doua inovație a sa a fost că, deși la prima vedere apare ca un monist (totul provine dintr-un singur element și constă din variații ale acestuia, care în cazul său este focul), Heraclit își alterează radical elementul generativ: "din foc, prima schimbare este marea; și din mare, jumătate este uscat, iar cealaltă jumătate este curentul de foc"—adică, schimbările focului sunt inițial în mare (nu în general apă), iar din mare, jumătate este uscat, cealaltă jumătate este fluxul de foc (uragan, vârtej). Prin urmare, focul lui Heraclit se poate transforma calitativ în orice, iar totul poate fi transformat în foc ("schimbul de foc este toate lucrurile și focul este toate lucrurile").

Revenind la fragmentul despre război, prin urmare, Heraclit nu se referă evident la conflictul armat, ci la armonia palindromică sau retrogradă (teza-antiteză-sinteză), adică forțele competitive și opuse care acționează simultan pentru a produce o lucrare echilibrată și armonioasă, așa cum se întâmplă pe coarda vibratoare a unui instrument muzical pentru a produce sunet.

Într-o epocă în care raționamentul demonstrativ era încă în fașă, Heraclit folosește exemple empirice acceptate în mod obișnuit. Iar influența sa se extinde de la contemporanii săi până în zilele noastre; în special în zilele noastre.

În concluzie, Heraclit nu este citit, studiat sau filozofiat; el este trăit.